Contador seguiría 2 años más en el ciclismo profesional por lo menos, según lo que él anunciaba. Contador empezó el Tour terminando en la posición 46.ª en la primera etapa, una contrarreloj individual en Utrecht, a 58 segundos del ganador de la etapa Rohan Dennis. Según declaró, las primeras etapas se le hicieron muy difíciles, sobre todo el primer final en alto de Cumbres Verdes (6.ª etapa), aunque no perdió tiempo con ningún favorito y en la general se encontraba 3.º al final de esa etapa por detrás de los dos Movistar, Valverde y Quintana. Menos de un mes después, ganó la Tirreno-Adriático, donde además se quedó con dos etapas; la 4.ª, etapa en la que superó al colombiano Nairo Quintana, situándose 2.º en la general y la 5.ª, con final en el Muro di Guardiagrele, donde atacó a 32 km del final, en el Passo Lanciano. En 2013 comienza otra vez en el Tour de San Luis (Argentina) donde ya logra la victoria en la 6.ª etapa con final en el Mirador del Sol.

Ciclismo profesional

La etapa empezó con lluvia y una fuga de nivel, entre los que estaban Romain Bardet y Marc Soler. El 9 de septiembre de 2017, se recordará como un día en el que un grande del ciclismo disparó por última vez. Finalmente, fue segundo en la etapa a 28" del ganador Stefan Denifl y metió a Froome 1’18".​ En la siguiente etapa, atacó varias veces camino del Monasterio de Santo Toribio de Liébana, aunque la etapa estaba en la fuga. Alberto Contador en su último año fichó por el Trek-Segafredo junto a su gran amigo y gregario Jesús Hernández con el objetivo de ganar el Tour de Francia.​ Aunque sí pudo llevarse el premio de la combatividad de esa edición de la Vuelta a España.​​​

Presidente del Congreso Nacional de Honduras

Manolo Sainz, director de ONCE y gran conocedor de las categorías inferiores, dio el visto bueno para que formara parte del equipo.​ En 2001, Contador, aconsejado por su antiguo compañero del Real Velo Club Portillo Jesús Hernández, se mudó al País Vasco para solicitar un hueco en el camuflado filial de la ONCE, el Iberdrola, uno de los conjuntos de referencia del ciclismo amateur. Cambió el equipo de Pinto por el Real Velo Club Portillo, equipo por el que en su día pasaron ciclistas como Bahamontes y Julián Berrendero. Tras cumplir su sanción y estando seis meses sin poder competir, Contador participaría en el Eneco Tour 2012,​ donde quedaría en cuarto lugar a seis segundos del pódium.​ Contador, entre otras victorias, fue desposeído del Tour de Francia 2010, la Volta a Cataluña 2011, el Giro de Italia 2011, la medalla de bronce en el Campeonato de España de Ciclismo en Ruta de Contrarreloj de 2011 y la medalla de plata en el Campeonato de España de Ciclismo en Ruta 2011.

Caso Contador: Cronología de un (des)engaño

El 26 de septiembre ganaba por primera vez en su carrera una Clásica al imponerse en la Milán-Turín;​​​​​​​ se trata de la clásica más antigua de Italia pues nació en 1876.La temporada terminaba con un 9.º puesto en el Giro de Lombardía. Alberto Contador participó en el mes de enero en la 6.ª edición del Tour de San Luis, en el cual ganó dos etapas. Finalmente, tras innumerables prórrogas,​​ el 6 de febrero de 2012 el Tribunal de Arbitraje Deportivo (TAS) le impuso una sanción de 2 años y le desposeyó del título del Tour de Francia ganado en 2010 por el positivo con clembuterol, además de todos sus resultados posteriores, no pudiendo volver a competir hasta el 6 de agosto de 2012.​​

Etapa post-sanción

Con su buena contrarreloj, quedando tercero,​ y su gran actuación en la 16.ª etapa (donde tuvo que rehacerse de un pinchazo a pies del Mortirolo y remontar 50 segundos)​ y 18.ª etapa, Contador amplió en 5 y 6 minutos la diferencia con sus rivales más cercanos, Landa y Aru, del Astana, que poco pudieron hacer los días posteriores. Comenzó la temporada en febrero, destacando en la Vuelta a Andalucía, donde ganó la tercera etapa a Chris Froome y fue segundo en la general a dos segundos del mismo. Después de fallar en 2013 en intentar conseguir el Tour de Francia, cambia su base de entrenamientos en invierno haciendo una concentración de pretemporada en las Islas Canarias.​ Además decidió comenzar la temporada más tarde que en años anteriores y no hacerlo en enero si no en febrero, en la Vuelta al Algarve.​ Esto, le trajo buenos resultados, pues resultó ganador de la etapa reina en el Algarve, con final en el alto de Malhao, además de finalizar segundo en la general. En las primeras rampas el español volvió a lanzar un ataque, aunque no pudo culminarlo, acabando tercero por detrás de los también escapados Samuel Sánchez y Pierre Rolland, que finalmente ganó la etapa.​​​​​​​​​​ Su inicio de temporada fue tan bueno o mejor que en 2008, logrando el triunfo en la general de la Vuelta al Algarve, a la que sumó un triunfo parcial de etapa, dos etapas en la París-Niza y repitió victoria en la Vuelta al País Vasco, junto con dos etapas.​

• Como homenaje, la organización de la Vuelta le dio el dorsal número uno de la carrera.​​ Dos días después, en la tercera etapa, que acababa en Andorra la Vieja, Alberto Contador perdió 2’33" debido a que no le iban las piernas.​
• Con su buena contrarreloj, quedando tercero,​ y su gran actuación en la 16.ª etapa (donde tuvo que rehacerse de un pinchazo a pies del Mortirolo y remontar 50 segundos)​ y 18.ª etapa, Contador amplió en 5 y 6 minutos la diferencia con sus rivales más cercanos, Landa y Aru, del Astana, que poco pudieron hacer los días posteriores.
• En la última etapa, compuesta por varias vueltas a la ciudad de Madrid, Contador refrendó su liderato y mantuvo su ventaja.

Años más tarde se desvelarían los motivos por los que no fichó por Caisse d’Epargne, equipo que siempre se ha caracterizado por tener en sus filas a los mejores ciclistas españoles del momento.​​​ Allí, ganó la cuarta etapa por delante de Alejandro Valverde y Cadel Evans, además de rozar la victoria final en la clasificación general (fue 2.º, superado por el australiano Evans). Ese mismo año, en septiembre, consiguió su primera victoria, en la contrarreloj de 19 km del Tour de Polonia.​ Allí, compartió equipo con varias promesas del ciclismo español, como Dani Navarro y Luis León Sánchez, entre otros.

Se impuso en la Vuelta a Murcia y en la Volta a Cataluña.​ El ciclista pinteño fija como gran objetivo la primera gran vuelta de la temporada, el Giro de Italia, obligado por la futura vista en el TAS sobre su caso de dopaje. En septiembre de 2010 se hizo pública la presencia de clembuterol en una muestra de orina de Contador obtenida el 21 de julio de dicho año, durante la segunda jornada de descanso del Tour de Francia.​ Se trata de una sustancia broncodilatadora prohibida por la Unión Ciclista Internacional y la Agencia Mundial Antidopaje, y que no puede ser generada de forma endógena por el organismo humano. Así se convertiría en el nuevo líder del equipo danés, tras la marcha de Andy Schleck y su hermano, Frank, a un nuevo equipo luxemburgués llamado Team Leopard-Trek. Eso sí, con cierta polémica debido a que gran parte de su ventaja con Andy Schleck, segundo, fue producida por una avería de este.​​ Fue en un control de este Tour cuando se detectó clembuterol en un análisis casa alberto carta de orina de Contador. El 12 de junio de 2010 logra vencer en la mítica cima de Alpe d’Huez en Dauphiné Libéré.​​ En la última etapa, compuesta por varias vueltas a la ciudad de Madrid, Contador refrendó su liderato y mantuvo su ventaja.

Pese a tal impactante y enorme noticia, Contador prosiguió su preparación íntegra para el Tour de Francia, su principal objetivo.Como ya había hecho años anteriores, para hacer la clásica preparación del Tour, Contador acudió a la Vuelta al Algarve. El de Pinto, pese a sufrir momentos de profunda crisis en el "sterrato" de la penúltima etapa, camino de la Colle delle Finestre, se proclamó campeón por segunda vez del Giro de Italia, igualando a Miguel Induráin en cuanto a rondas italianas y en cuanto a grandes vueltas ganadas.​​ Sobre el final, lanzó su ataque para llevarse la segunda etapa personal y donde prácticamente sentenció la carrera.​ A falta de menos de un kilómetro, el jersey rojo, dejó atrás al británico para anotarse la primera etapa y ampliar las diferencias en la general a más de minuto y medio sobre Valverde y el propio Froome.​ La segunda estocada fue en la 20.ª etapa, con final en el puerto de Ancares.